Misión.- Prevenir el delito aduanero en las zonas primaria y secundaria; apoyar a la Dirección General en la planificación y ejecución del control aduanero en sus diferentes fases y procesos, y realizar las investigaciones técnicas conducentes a la comprobación de la existencia del delito aduanero, capacitando, entrenando y equipando al servidor aduanero, para alcanzar los objetivos derivados de la planificación estratégica de la Administración Aduanera, a fin de coadyuvar en forma articulada en el cumplimiento de su misión institucional

Visión.- Ser una organización al 2022, insigne de la Aduana del Ecuador, con alta efectividad operacional, capacidad del manejo de crisis, personal profesional, ético y moralmente calificado, con un alto prestigio e imagen institucional; con equipo, tecnología y medios modernos que garanticen la seguridad jurídica de sus miembros y que impulse el desarrollo y el buen vivir de la sociedad ecuatoriana.

Valores
“Disciplina, Honradez y Lealtad si quieres vivir con Honor”

Liderazgo.- 

Arte de motivar, comandar y conducir a personas a realizar hechos positivos.

Honor.-

Cualidad moral que lleva al sujeto a cumplir con los deberes propios respecto al prójimo y a uno mismo.

Disciplina.-

Capacidad de las personas para poner en práctica una serie de principios relativos al orden y organización.

Lealtad.-

Estar comprometidos individual y colectivamente con el desarrollo del país y la institución.

Honestidad.-

Es un valor moral fundamental para entablar relaciones interpersonales basadas en la confianza, la sinceridad y el respeto mutuos.

Responsabilidad.-

Ser coherente entre lo que se piensa, dice y hace; tomando decisiones imparciales, objetivas e íntegras.

Servicio.-

Es el arte de dar mucho de uno y de su vida, para ayudar desinteresadamente a los demás.

Deber con la Patria.-

Cumplir y hacer cumplir las normas vigentes en el País y participar en el desarrollo de la Nación.